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CodeBuddy 科研工具

在 CodeBuddy Code 里运行一条 codebuddy mcp add 命令，或在 CodeBuddy IDE 的 MCP 页签里加一条配置。浏览器登录之后，CodeBuddy 就能为你的脚本取统计数据、数据集和各学科的记录。

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怎样把 ScholarMuse 接入 CodeBuddy

CodeBuddy Code 用一条命令，CodeBuddy IDE 在 MCP 页签里加一条配置。CodeBuddy Code 可以执行终端命令，所以把“阅读 https://scholarmuse.ai/install/agent.md，按说明连接 ScholarMuse”粘贴给它，应该也能完成设置。以下步骤依据 CodeBuddy 的官方文档整理。

完整连接指南 →

  1. 第 1 步

    CodeBuddy Code：运行一条命令

    在终端运行这条命令。它把 ScholarMuse 写进用户级配置文件 ~/.codebuddy/.mcp.json，所有项目都能用。

    codebuddy mcp add --scope user --transport http scholarmuse https://scholarmuse.ai/mcp

  2. 第 2 步

    CodeBuddy IDE：添加一条 MCP 配置

    点击对话面板右上角的 CodeBuddy Settings，进入 MCP 页签，选择 Add MCP，粘贴下面的 JSON。

    {
  "mcpServers": {
    "scholarmuse": {
      "type": "http",
      "url": "https://scholarmuse.ai/mcp"
    }
  }
}

  3. 第 3 步

    发起登录

    在 CodeBuddy Code 里输入 /mcp 查看服务器状态，并在这里为 scholarmuse 发起授权。

  4. 第 4 步

    在浏览器里授权

    浏览器会打开 scholarmuse.ai。登录并同意授权，再选择允许 CodeBuddy 使用哪些学科包。整个过程不需要创建或粘贴 API key。

  5. 第 5 步

    确认连接成功

    再输入一次 /mcp，确认 scholarmuse 显示为已连接，然后让 CodeBuddy 列出 ScholarMuse 的能力。

CodeBuddy 能往项目里取什么

CodeBuddy 在终端或编辑器里工作，离你的脚本最近。所以这里优先列出最后会变成项目文件的内容：统计序列、数据集信息、结构文件、观测目录和试验注册记录。

经济与社会统计

经济与社会统计

全学科 · FRED, World Bank, IMF +5

数据集检索

数据集检索

全学科 · DataCite, Zenodo, Dryad +2

论文检索

论文检索

全学科 · OpenAlex, PubMed / Europe PMC, arXiv +5

蛋白结构

蛋白结构

生命科学与医学 · RCSB PDB, AlphaFold DB

地震与水文数据

地震与水文数据

地球与环境 · USGS

临床试验检索

临床试验检索

生命科学与医学 · ClinicalTrials.gov

系外行星与恒星

系外行星与恒星

天文 · NASA Exoplanet Archive, Gaia Archive, SIMBAD

经济与社会统计
把官方序列取下来，连同来源一起提交到仓库，同事重跑脚本时拿到的是同一批数字。
数据集检索
在命令行里检索 DataCite、Zenodo、Dryad、Harvard Dataverse 和 Hugging Face，把 DOI 记进数据说明文件。
论文检索
把复现所依据的论文连同 DOI 整理成一份参考文献文件，和代码放在一起。
蛋白结构
取 RCSB PDB 的实验结构或 AlphaFold DB 的预测结构，再用自己的脚本分析。
地震与水文数据
按你指定的中心点和时段取 USGS 地震记录（每次最多 200 条）和水文站读数，可以直接交给分析代码。
临床试验检索
按疾病、干预、分期和状态从 ClinicalTrials.gov 取注册记录，整理成表，供证据综述使用。
系外行星与恒星
查询 NASA 系外行星档案和 Gaia 星表，在同一次会话里把结果画出来。

可以这样问 CodeBuddy

地震与水文数据

你对 agent 说

用 ScholarMuse 取 2008 年以来北纬 31.0、东经 103.4 周围 400 公里内震级最大的 200 次地震，把目录存成 CSV，再画出震级和震源深度的关系图。

返回 USGS 地震目录，含发震时间、位置、深度和震级，由 CodeBuddy 保存并画图。

蛋白结构

你对 agent 说

取实验结构 6LU7，写一个 Biopython 脚本，列出距离结合的抑制剂 4 Å 以内的残基。

返回 RCSB PDB 的结构记录和文件，脚本就基于这个文件来写。

临床试验检索

你对 agent 说

列出 GLP-1 受体激动剂治疗肥胖的 3 期试验，只要招募中或已完成的。把注册号、申办方、入组人数和主要终点导出成表格。

返回符合条件的 ClinicalTrials.gov 注册记录，由 CodeBuddy 写入文件，供后续筛选。

常见问题

在 CodeBuddy Code 里原则上可以：它能执行终端命令，所以直接粘贴“阅读 https://scholarmuse.ai/install/agent.md，按说明连接 ScholarMuse”即可。它会运行添加命令，你只需要在浏览器里完成登录。

你添加的这一项只有服务器名称、传输类型和地址，没有别的内容。ScholarMuse 没有 API key，访问权限是通过在 scholarmuse.ai 的浏览器登录授予的。

不需要。两者连接的是同一个地址，用同一个 ScholarMuse 账号登录。只是要按上面的步骤分别添加、分别授权。

学科工具归属于各个学科包，CodeBuddy 只能看到你授权时允许的那些。在 ScholarMuse 账号里开启生命科学或地球与环境学科包，再让 CodeBuddy 重新列出能力。

agent 的每次调用都消耗积分，调用成功才扣费，目前没有订阅制。新账号会一次性获赠 50 积分。/tools 下的 6 个网页工具不用注册即可免费使用，每天最多 5 次。

请求只用于返回结果，不会用来训练模型。

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数据来自 OpenAlex · Crossref · PubMed · arXiv · NIH · UniProt · PDB · PubChem · NASA · World Bank · USGS · GBIF 等