Qwen Code 科研工具
运行一条 qwen mcp add 命令，再到浏览器里登录。之后 Qwen Code 写生物信息学脚本或材料筛选脚本时，可以随手查基因、蛋白结构、化合物和材料数据。
怎样把 ScholarMuse 接入 Qwen Code
一条命令，再到 /mcp 对话框里登录。以下步骤依据 Qwen Code 的官方文档。登录需要运行 qwen 的那台电脑上有浏览器。
第 1 步
添加服务器
在终端运行这条命令。它把 ScholarMuse 注册在你的用户级配置下，所有项目都能用。配置保存在 ~/.qwen/settings.json。
qwen mcp add --transport http --scope user scholarmuse https://scholarmuse.ai/mcp第 2 步
在 /mcp 里完成认证
启动 qwen，输入 /mcp。在对话框里选中 scholarmuse 并发起认证。Qwen Code 会自己发现登录地址并向服务器完成注册，不需要你填写任何内容。
第 3 步
在浏览器里授权
浏览器会打开 scholarmuse.ai。登录并同意授权，再选择允许 Qwen Code 使用哪些学科包。整个过程不需要创建或粘贴 API key。
第 4 步
确认连接成功
让 Qwen Code 列出 ScholarMuse 的能力，并说出它现在能帮你的研究做哪三件事。如果服务器没有显示为已连接，重启 qwen，再打开 /mcp 看一下。
连接后 Qwen Code 在终端里能查什么
这一页偏重生命科学和化学：先是分析流程里按标识符关联的各类记录，再是方法背后的数据集和论文。
新基因与蛋白查询
生命科学与医学 · NCBI Gene, Ensembl, UniProt +5
蛋白结构
生命科学与医学 · RCSB PDB, AlphaFold DB
化合物与材料
化学与材料 · PubChem, ChEBI, Materials Project +2
药物与靶点
生命科学与医学 · ChEMBL, openFDA
临床试验检索
生命科学与医学 · ClinicalTrials.gov
数据集检索
全学科 · DataCite, Zenodo, Dryad +2
论文检索
全学科 · OpenAlex, PubMed / Europe PMC, arXiv +5
- 基因与蛋白查询
- 把一列基因名补上功能、通路和组织表达注释，不必为每个数据库各写一套访问代码。
- 蛋白结构
- RCSB PDB 的实验结构和 AlphaFold DB 的预测模型，按标识符取到工作目录里。
- 化合物与材料
- 化合物的标识符和性质，以及带隙、稳定性等晶体数据，作为筛选脚本的输入表。
- 药物与靶点
- 来自 ChEMBL 的靶点和活性数据，建模之前用来给化合物集合打标签。
- 临床试验检索
- 按疾病、干预和分期检索 ClinicalTrials.gov，结果可以整理成一张试验概况表。
- 数据集检索
- 找论文背后存档的数据，或某个公开基准数据集，同时拿到所在仓库、格式和许可。
- 论文检索
- 找到流程里某个工具对应的方法学论文，把 DOI 写进脚本开头。
可以这样问 Qwen Code
基因与蛋白查询
你对 agent 说
results/de_genes.csv 里是我这次 RNA-seq 上调最明显的 40 个基因。用 ScholarMuse 给每个基因补上功能、通路和组织表达信息，把注释后的表写到 results/de_genes_annotated.csv。
蛋白结构
你对 agent 说
取人源 EGFR 现有的实验结构和 AlphaFold 预测模型，存到 structures/ 目录，再写一个 Python 脚本，报告每个文件的分辨率和残基覆盖范围。
化合物与材料
你对 agent 说
candidates.txt 里列了 8 个氧化物化学式。用 ScholarMuse 逐个查带隙和稳定性，把结果写进 screening.csv，筛出带隙在 1.5 到 3 eV 之间的。
常见问题
让你的 agent 更懂学术
连接一次，就能在你已经在用的 agent 里，用上 50 多个数据源的论文、数据和插图。
兼容这些 AI agent
数据来自 OpenAlex · Crossref · PubMed · arXiv · NIH · UniProt · PDB · PubChem · NASA · World Bank · USGS · GBIF 等