GBIF
GBIF(Global Biodiversity Information Facility,全球生物多样性信息网络)是一个国际网络,发布由博物馆、调查项目和公民科学项目共享的物种分布记录。通过 ScholarMuse,agent 可以给出学名或俗名,先匹配到 GBIF 主干分类里的分类单元,再取回带坐标、日期和发布数据集的分布记录。只返回 CC0 和 CC BY 许可的记录。
对应的 ScholarMuse 工具:search_species_occurrence。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 GBIF 的数据字段。
search_species_occurrence
每条分布记录一条结果。响应里还会附上匹配到的分类单元,以及符合条件的 CC0 和 CC BY 记录总数。
- scientificName
- 记录上的学名
- latitude
- 十进制纬度
- longitude
- 十进制经度
- coordinateUncertaintyM
- 坐标不确定度(米),有则返回
- date
- 观测或采集的日期
- country
- 两位国家代码
- stateProvince
- 州或省
- locality
- 地点描述,截断到 200 个字符
- basisOfRecord
- 记录类型,如人工观察或馆藏标本
- dataset
- 发布该记录的数据集名称
- datasetUrl
- 该数据集的 GBIF 页面,用于引用
- license
- CC0-1.0 或 CC BY 4.0
覆盖范围
- GBIF 主干分类中任意分类单元的分布记录,可用学名或俗名查找。
- 可按国家(两位 ISO 代码)、年份范围和是否带坐标筛选。
- 只包含标记为「存在」的记录,不请求「未发现」的记录。
限制
- 只统计和返回 CC0 1.0 或 CC BY 4.0 许可的记录;CC BY-NC 记录不包含在内,所以总数会比 gbif.org 上的少。
- 每次最多返回 300 条(默认 50 条),不能翻页取后面的记录,也不提供批量下载。
- 默认不返回没有坐标的记录,除非 agent 关闭这个筛选。
- GBIF 只能匹配到属或科的名称会再按俗名查一次;仍查不到时工具返回错误。
ScholarMuse 怎么访问 GBIF
连接器直接调用 api.gbif.org/v1 的公开 GBIF API:先用 species/match(俗名则用 species/search)解析名称,再调用 occurrence/search。不发送任何 API key。
分布记录检索最长缓存 12 小时,名称匹配最长缓存 30 天,所以新发布的记录可能要半天后才出现。
API key:上游 API 不用 key 也能调用,你不用申请。
许可与署名
许可:CC0 1.0 or CC BY 4.0 per record
GBIF.org — Global Biodiversity Information Facility. Cite the publishing dataset of each record.
来自 GBIF 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时,请按 GBIF 自己的引用要求来写。
