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AF
预测结构AlphaFold DB prediction API

AlphaFold DB

AlphaFold Protein Structure Database 收录蛋白三维结构的预测模型，由 Google DeepMind 和 EMBL-EBI 共同运营。通过 ScholarMuse，agent 可以按 UniProt 编号取到预测模型，查看置信度分数和文件链接。同一次调用还会返回该蛋白的 PDB 实验结构，方便对照。

对应的 ScholarMuse 工具：get_structure。每次成功调用都会扣积分。

在我的 agent 里使用

可以这样问你的 agent

UniProt P00533 有 AlphaFold 模型吗？平均 pLDDT 是多少？
人源 TP53 的 AlphaFold 预测里，低置信度和极低置信度的部分各占多少？
PDB 条目 1M17 里那个蛋白的 AlphaFold 模型，给我 mmCIF 下载链接。

你的 agent 会拿到什么

每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 AlphaFold DB 的数据字段。

get_structure

只有在确定了 UniProt 编号且 AlphaFold DB 有对应模型时，才会有一条 kind 为 predicted 的记录。

entryId
AlphaFold DB 条目 id，如 AF-P00533-F1
uniprotId
模型对应的 UniProt 编号
gene
基因名
organism
物种学名
meanPlddt
平均 pLDDT 置信度分数
fractionVeryHighConfidence
pLDDT 极高的残基占比
fractionLowConfidence
pLDDT 偏低的残基占比
version
最新模型版本
modelDate
模型生成日期
residueStart
模型覆盖的起始残基
residueEnd
模型覆盖的末尾残基
mmcifUrl
mmCIF 文件下载链接
paeImageUrl
预测对齐误差（PAE）图链接

覆盖范围

  • AlphaFold DB 中的蛋白预测结构，每次按一个 UniProt 编号查询。
  • 每次返回一个模型，即标准序列对应的那个；isoformModels 字段给出 AlphaFold DB 同时返回的其他模型数量。
  • 传入 PDB id 时，返回的是该条目所列第一个 UniProt 编号对应的模型。

限制

  • 这里不能按名称检索 AlphaFold DB。只有名称能精确匹配 UniProt 中人类的基因符号或蛋白名时才行，否则不返回预测模型。
  • 返回的是置信度汇总和文件链接，不含坐标，也不含逐残基的 pLDDT 值。
  • AlphaFold DB 里没有模型的蛋白，这个数据源不会返回任何内容。

ScholarMuse 怎么访问 AlphaFold DB

连接器直接请求 AlphaFold DB 的接口 alphafold.ebi.ac.uk/api/prediction/{UniProt 编号}，不发送任何 API key。

响应最多缓存 7 天，新版本模型可能要过这么久才能看到。

API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。

许可与署名

许可：CC BY 4.0

Predicted structure from AlphaFold Protein Structure Database (alphafold.ebi.ac.uk), Google DeepMind and EMBL-EBI, CC BY 4.0.

来自 AlphaFold DB 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 AlphaFold DB 自己的引用要求来写。

用到 AlphaFold DB 的功能

蛋白结构

蛋白结构

生命科学与医学 · RCSB PDB, AlphaFold DB

相关数据源

RCSB PDB

常见问题

ScholarMuse 不是 AlphaFold DB 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 get_structure 工具会查询 AlphaFold DB。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 AlphaFold DB，不用再单独装一个 server。

不需要。AlphaFold DB 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。

连接器直接请求 AlphaFold DB 的接口 alphafold.ebi.ac.uk/api/prediction/{UniProt 编号}，不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，新版本模型可能要过这么久才能看到。

许可：CC BY 4.0。署名：Predicted structure from AlphaFold Protein Structure Database (alphafold.ebi.ac.uk), Google DeepMind and EMBL-EBI, CC BY 4.0. 来自 AlphaFold DB 的记录都带这段许可和署名。

需要。每次成功调用 get_structure 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：蛋白结构，1 积分 / 次。