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PDB
结构RCSB Search API + Data GraphQL

RCSB Protein Data Bank (PDB)

RCSB Protein Data Bank（PDB）是由 RCSB 运营的实验测定生物大分子三维结构库，网址 rcsb.org。通过 ScholarMuse，agent 可以按 PDB id 取单个条目，按 UniProt 编号列出包含该蛋白的条目（分辨率最好的排在前面），或者按蛋白名做全文检索。

对应的 ScholarMuse 工具：get_structure。每次成功调用都会扣积分。

在我的 agent 里使用

可以这样问你的 agent

PDB 条目 1M17 用的是什么测定方法，分辨率多少，哪天发布的？
列出人源 EGFR 分辨率最好的几个实验结构，并给出下载链接。
找一下 hemoglobin 的 PDB 结构，说明它们来自哪些物种。

你的 agent 会拿到什么

每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 RCSB PDB 的数据字段。

get_structure

kind 为 experimental 的记录来自 RCSB PDB；同一次调用还可能附带一条 AlphaFold DB 记录。

pdbId
4 位 PDB id
method
实验方法，如 X 射线衍射
resolutionAngstrom
分辨率（Å）
releaseDate
首次发布日期
depositDate
提交日期
organisms
来源物种，最多 5 个
molecules
聚合物实体描述，最多 6 个
uniprotIds
条目包含的 UniProt 编号，最多 8 个
residues
已提交的聚合物残基数
doi
主要引用文献的 DOI
pubmedId
主要引用文献的 PubMed id
mmcifUrl
mmCIF 文件下载链接

覆盖范围

  • PDB 库中的实验测定结构，按条目返回，每个 PDB id 一条记录。
  • 三种查法：PDB id、UniProt 编号（按分辨率从好到差排序）、名称。
  • 传入名称时，先按基因符号或蛋白名精确匹配人类 UniProt 条目；匹配不到就走 PDB 全文检索。

限制

  • 每次最多返回 25 个实验结构（默认 10 个），只取第一页。
  • 返回的是元数据和下载链接，不含原子坐标。超大结构只以 mmCIF 分发，这类条目的 pdbUrl 可能打不开。
  • id 只接受 4 位 PDB id 或 UniProt 编号，其他内容要放在 query 里。
  • 不能按测定方法、分辨率阈值、配体或物种筛选。

ScholarMuse 怎么访问 RCSB PDB

连接器先向 RCSB Search API（search.rcsb.org）提交查询拿到条目 id，再从 RCSB Data API 的 GraphQL 接口（data.rcsb.org）读取条目详情，不发送任何 API key。

检索结果最多缓存 1 天，条目详情最多缓存 7 天，新发布的结构可能要过一天才查得到。

API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。

许可与署名

许可：CC0-1.0

Structure data from RCSB Protein Data Bank (rcsb.org), CC0.

来自 RCSB PDB 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 RCSB PDB 自己的引用要求来写。

用到 RCSB PDB 的功能

蛋白结构

蛋白结构

生命科学与医学 · RCSB PDB, AlphaFold DB

相关数据源

AlphaFold DB

常见问题

ScholarMuse 不是 RCSB PDB 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 get_structure 工具会查询 RCSB PDB。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 RCSB PDB，不用再单独装一个 server。

不需要。RCSB PDB 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。

连接器先向 RCSB Search API（search.rcsb.org）提交查询拿到条目 id，再从 RCSB Data API 的 GraphQL 接口（data.rcsb.org）读取条目详情，不发送任何 API key。检索结果最多缓存 1 天，条目详情最多缓存 7 天，新发布的结构可能要过一天才查得到。

许可：CC0-1.0。署名：Structure data from RCSB Protein Data Bank (rcsb.org), CC0. 来自 RCSB PDB 的记录都带这段许可和署名。

需要。每次成功调用 get_structure 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：蛋白结构，1 积分 / 次。