bioRxiv / medRxiv
bioRxiv 和 medRxiv 是生物学与健康科学领域的预印本平台,由冷泉港实验室创办。通过 ScholarMuse,agent 可以把 bioRxiv 或 medRxiv 的 DOI 解析成预印本的元数据。它们的 API 不支持关键词检索,所以按关键词找这两个平台的预印本,走的是 OpenAlex 和 Europe PMC。
对应的 ScholarMuse 工具:get_paper。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 bioRxiv / medRxiv 的数据字段。
get_paper
bioRxiv API 是最后才尝试的来源,而且只针对以 10.1101/ 或 10.64898/ 开头、且 OpenAlex、Crossref 和 Europe PMC 都没查到的 DOI。多数预印本 DOI 由 OpenAlex 回答,这时不会有 bioRxiv 独有的字段。
- doi
- 预印本 DOI
- authors
- 作者姓名,最多 12 位
- date
- 首个版本的发布日期
- latestVersionDate
- 最新版本的日期
- version
- 最新版本号
- venue
- bioRxiv 或 medRxiv
- category
- 学科分类,如 neuroscience
- license
- 作者为预印本选择的许可
- publishedDoi
- 期刊正式版本的 DOI(如有)
- openAccessUrl
- 全文 PDF 链接
- abstract
- 最新版本的摘要,最多 2000 个字符
覆盖范围
- 发布在 bioRxiv 和 medRxiv 上的预印本,每次按一个 DOI 查询。
- 返回的是最新版本的内容,日期取首次发布的时间。
- 按关键词检索这些预印本要通过 OpenAlex 和 Europe PMC,它们收录了这两个平台。
限制
- 不能对 bioRxiv API 做关键词检索,search_papers 也不包含 bioRxiv 这个来源。
- 只有 OpenAlex、Crossref 和 Europe PMC 都解析不了该 DOI 时,才会请求 bioRxiv API。
- 没有提供按分类或日期列出最新预印本的工具。
- 返回的是 PDF 链接而不是全文,也没有被引次数。
ScholarMuse 怎么访问 bioRxiv / medRxiv
连接器带着 DOI 请求 api.biorxiv.org/details,先查 bioRxiv,再查 medRxiv,不发送 API key。
DOI 查询最多缓存 1 天,所以当天发布的新版本可能第二天才能看到。
API key:上游 API 不用 key 也能调用,你不用申请。
许可与署名
许可:Each preprint carries its own licence (see `license` on the record)
Preprint metadata from the bioRxiv/medRxiv API (api.biorxiv.org), Cold Spring Harbor Laboratory.
来自 bioRxiv / medRxiv 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时,请按 bioRxiv / medRxiv 自己的引用要求来写。
