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预印本bioRxiv API /details

bioRxiv / medRxiv

bioRxiv 和 medRxiv 是生物学与健康科学领域的预印本平台,由冷泉港实验室创办。通过 ScholarMuse,agent 可以把 bioRxiv 或 medRxiv 的 DOI 解析成预印本的元数据。它们的 API 不支持关键词检索,所以按关键词找这两个平台的预印本,走的是 OpenAlex 和 Europe PMC。

对应的 ScholarMuse 工具:get_paper。每次成功调用都会扣积分。

可以这样问你的 agent

查一下 bioRxiv 预印本 10.1101/2021.10.04.463034,告诉我最新版本号和许可。
bioRxiv 上的 AlphaFold-Multimer 预印本后来在期刊上正式发表了吗?
我稿子里这条引文是 medRxiv 预印本,帮我查它的 DOI 记录和 PDF 链接。

你的 agent 会拿到什么

每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 bioRxiv / medRxiv 的数据字段。

get_paper

bioRxiv API 是最后才尝试的来源,而且只针对以 10.1101/ 或 10.64898/ 开头、且 OpenAlex、Crossref 和 Europe PMC 都没查到的 DOI。多数预印本 DOI 由 OpenAlex 回答,这时不会有 bioRxiv 独有的字段。

doi
预印本 DOI
authors
作者姓名,最多 12 位
date
首个版本的发布日期
latestVersionDate
最新版本的日期
version
最新版本号
venue
bioRxiv 或 medRxiv
category
学科分类,如 neuroscience
license
作者为预印本选择的许可
publishedDoi
期刊正式版本的 DOI(如有)
openAccessUrl
全文 PDF 链接
abstract
最新版本的摘要,最多 2000 个字符

覆盖范围

  • 发布在 bioRxiv 和 medRxiv 上的预印本,每次按一个 DOI 查询。
  • 返回的是最新版本的内容,日期取首次发布的时间。
  • 按关键词检索这些预印本要通过 OpenAlex 和 Europe PMC,它们收录了这两个平台。

限制

  • 不能对 bioRxiv API 做关键词检索,search_papers 也不包含 bioRxiv 这个来源。
  • 只有 OpenAlex、Crossref 和 Europe PMC 都解析不了该 DOI 时,才会请求 bioRxiv API。
  • 没有提供按分类或日期列出最新预印本的工具。
  • 返回的是 PDF 链接而不是全文,也没有被引次数。

ScholarMuse 怎么访问 bioRxiv / medRxiv

连接器带着 DOI 请求 api.biorxiv.org/details,先查 bioRxiv,再查 medRxiv,不发送 API key。

DOI 查询最多缓存 1 天,所以当天发布的新版本可能第二天才能看到。

API key:上游 API 不用 key 也能调用,你不用申请。

许可与署名

许可:Each preprint carries its own licence (see `license` on the record)

Preprint metadata from the bioRxiv/medRxiv API (api.biorxiv.org), Cold Spring Harbor Laboratory.

来自 bioRxiv / medRxiv 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时,请按 bioRxiv / medRxiv 自己的引用要求来写。

常见问题

ScholarMuse 不是 bioRxiv / medRxiv 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server,其中的 get_paper 工具会查询 bioRxiv / medRxiv。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 bioRxiv / medRxiv,不用再单独装一个 server。

不需要。bioRxiv / medRxiv 的 API 不用 key 也能调用,ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse,agent 就能调用工具。

连接器带着 DOI 请求 api.biorxiv.org/details,先查 bioRxiv,再查 medRxiv,不发送 API key。DOI 查询最多缓存 1 天,所以当天发布的新版本可能第二天才能看到。

许可:Each preprint carries its own licence (see `license` on the record)。署名:Preprint metadata from the bioRxiv/medRxiv API (api.biorxiv.org), Cold Spring Harbor Laboratory. 来自 bioRxiv / medRxiv 的记录都带这段许可和署名。

需要。每次成功调用 get_paper 都会扣积分,调用失败不扣。当前价格:论文检索,1 积分 / 次。