CB
化学实体ChEBI 2.0 public REST APIChEBI
ChEBI（Chemical Entities of Biological Interest）是 EMBL-EBI 维护的小分子人工整理词典和本体。在 ScholarMuse 里它是化合物查询的附加信息：先在 PubChem 找到化合物，再去 ChEBI 找 InChIKey 或名称相同的条目，把它的 id、定义和角色附在结果里。这里不能单独检索 ChEBI。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_compound。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
ChEBI 给 caffeine 列了哪些角色？
给我 aspirin 的 ChEBI id 和定义。
cholesterol 有 ChEBI 条目吗？是几星？
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 ChEBI 的数据字段。
lookup_compound
这些字段位于 PubChem 记录里嵌套的 chebi 对象中，只有匹配到 ChEBI 条目时才有。
- chebiId
- ChEBI 编号，如 CHEBI:27732
- name
- 该实体的 ChEBI 名称
- definition
- ChEBI 文字定义，最多 2000 个字符
- stars
- 条目的 ChEBI 星级
- roles
- ChEBI 分类中的角色名称，最多 12 个
- url
- ChEBI 条目页面链接
- license
- 记录中 ChEBI 部分的许可
- attribution
- ChEBI 部分的署名文字
覆盖范围
- 同时收录于 PubChem 的化合物所对应的 ChEBI 条目，每次化合物查询最多一条。
- 匹配很严格：条目的 InChIKey 必须与 PubChem 化合物相同，否则名称必须完全一致。
- 返回内容：ChEBI id、名称、定义、星级和角色名称。
限制
- 不能直接检索 ChEBI，不能传入 ChEBI id；PubChem 里没有对应化合物的实体查不到。
- 只在 ChEBI 检索结果的前 5 条里找匹配，所以有些化合物的结果里没有 ChEBI 数据。
- 不返回本体结构：没有上下位类，没有关系，角色只有名称而不带 ChEBI id。
- ChEBI 请求失败时仍会返回 PubChem 记录，并把响应标记为 partial。
ScholarMuse 怎么访问 ChEBI
PubChem 返回化合物之后，连接器再请求 ebi.ac.uk 上的 ChEBI 2.0 公开 REST 接口：先用 es_search 找到条目，再用 compound 接口取详情，不发送任何 API key。
响应最多缓存 7 天，ChEBI 条目的修改可能要过这么久才能看到。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC BY 4.0
Data from ChEBI (www.ebi.ac.uk/chebi), EMBL-EBI, CC BY 4.0.
记录本身标的是 PubChem 的许可，ChEBI 的许可和这段署名放在嵌套的 chebi 对象里。 在论文里引用时，请按 ChEBI 自己的引用要求来写。
常见问题
ScholarMuse 不是 ChEBI 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_compound 工具会查询 ChEBI。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 ChEBI，不用再单独装一个 server。
不需要。ChEBI 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
PubChem 返回化合物之后，连接器再请求 ebi.ac.uk 上的 ChEBI 2.0 公开 REST 接口：先用 es_search 找到条目，再用 compound 接口取详情，不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，ChEBI 条目的修改可能要过这么久才能看到。
许可：CC BY 4.0。署名：Data from ChEBI (www.ebi.ac.uk/chebi), EMBL-EBI, CC BY 4.0. 记录本身标的是 PubChem 的许可，ChEBI 的许可和这段署名放在嵌套的 chebi 对象里。
需要。每次成功调用 lookup_compound 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：化合物与材料，1 积分 / 次。