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化合物PubChem PUG REST

PubChem

PubChem 是美国国立卫生研究院（NIH）下属国家医学图书馆的开放化学数据库。通过 ScholarMuse，agent 可以把化合物名称、CAS 号、SMILES、InChIKey 或 CID 解析到一个 PubChem 化合物，读取它的标识符和计算性质，不必凭记忆回答化学问题。如果 ChEBI 有匹配条目，还会附上它的定义和角色。

对应的 ScholarMuse 工具：lookup_compound。每次成功调用都会扣积分。

在我的 agent 里使用

可以这样问你的 agent

caffeine 的分子量和 SMILES 是什么？
CAS 号 50-78-2 是什么化合物？它的 InChIKey 是什么？
ibuprofen 的 XLogP、TPSA 以及氢键供体数和受体数分别是多少？

你的 agent 会拿到什么

每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 PubChem 的数据字段。

lookup_compound

下列字段都来自 PubChem；只有 ChEBI 有匹配条目时才会多出一个嵌套的 chebi 对象。

cid
PubChem 化合物 id
name
化合物在 PubChem 的标题名
iupacName
IUPAC 名称
formula
分子式
molecularWeight
分子量（g/mol）
smiles
SMILES 字符串
inchiKey
InChIKey
xlogp
计算得到的 XLogP
hBondDonors
氢键供体数
hBondAcceptors
氢键受体数
tpsa
拓扑极性表面积
casNumber
CAS 号（在同义名中找到时）

覆盖范围

  • PubChem Compound 记录，每次查询一个化合物。
  • 可接受的输入：化合物名称、CAS 号、SMILES、InChIKey 或 CID。
  • 标识符和计算性质、前 8 个同义名，以及二维结构图链接（imageUrl）。

限制

  • 每次只查一个化合物。名称对应多个 CID 时取 PubChem 返回的第一个，不提供列表检索。
  • 不支持子结构或相似度检索，也不返回生物测定结果、安全与危害信息、谱图、三维构象，以及熔点这类实验性质。
  • XLogP、TPSA 等数值是 PubChem 的计算值，不是实测值。
  • 查询内容最长 400 个字符。

ScholarMuse 怎么访问 PubChem

连接器直接请求 PubChem PUG REST：先按名称、SMILES 或 InChIKey 把查询解析成 CID，再读取该 CID 的性质表和同义名列表，不发送任何 API key。

响应最多缓存 30 天，PubChem 上刚发生的改动可能要过这么久才能看到。

API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。

许可与署名

许可：Public domain (US Government work); depositor-supplied items may carry their own terms

Data from PubChem (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), National Library of Medicine, NIH.

来自 PubChem 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 PubChem 自己的引用要求来写。

用到 PubChem 的功能

化合物与材料

化合物与材料

化学与材料 · PubChem, ChEBI, Materials Project +2

相关数据源

ChEBIMaterials ProjectOQMDCrystallography Open Database

常见问题

ScholarMuse 不是 PubChem 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_compound 工具会查询 PubChem。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 PubChem，不用再单独装一个 server。

不需要。PubChem 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。

连接器直接请求 PubChem PUG REST：先按名称、SMILES 或 InChIKey 把查询解析成 CID，再读取该 CID 的性质表和同义名列表，不发送任何 API key。响应最多缓存 30 天，PubChem 上刚发生的改动可能要过这么久才能看到。

许可：Public domain (US Government work); depositor-supplied items may carry their own terms。署名：Data from PubChem (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), National Library of Medicine, NIH. 来自 PubChem 的记录都带这段许可和署名。

需要。每次成功调用 lookup_compound 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：化合物与材料，1 积分 / 次。