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生物活性ChEMBL web services APIChEMBL
ChEMBL 是 EMBL-EBI 维护的生物活性分子、药物及其靶点数据库。通过 ScholarMuse，agent 可以按通用名、商品名、研发代号或 ChEMBL id 查一个药物或化合物，拿到临床阶段、基本化学信息、人工整理的作用机制，以及靶点对应的基因和 UniProt 编号。它只用于研究查询，不构成医疗建议。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_drug。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
imatinib 的作用机制是什么？它作用于哪些基因？
查一下 CHEMBL941：分子类型、最高临床阶段和首次获批年份。
ChEMBL 里 semaglutide 的商品名和 ATC 编码是什么？
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 ChEMBL 的数据字段。
lookup_drug
type 为 drug 的记录来自 ChEMBL。mechanisms、targetGenes、potencyMeasurements 只有在请求了 targets 部分时才有（默认会请求）。
- chemblId
- ChEMBL 分子 id
- maxPhase
- 到达的最高临床阶段
- moleculeType
- 分子类型，如小分子
- firstApproval
- 首次获批年份
- formula
- 分子式
- molecularWeight
- 分子量
- smiles
- 规范 SMILES，最多 500 个字符
- atcCodes
- ATC 分类编码，最多 6 个
- tradeNames
- 商品名，最多 8 个
- mechanisms
- 作用机制、作用类型、靶点、基因和 UniProt 编号
- targetGenes
- 所有机制涉及的基因符号，最多 30 个
- potencyMeasurements
- 带 pChEMBL 值的活性测量条数
覆盖范围
- ChEMBL 分子，匹配顺序为：ChEMBL id、首选名精确匹配、同义词精确匹配（商品名、研发代号），最后是 ChEMBL 全文检索。
- 母体分子的人工整理作用机制，附靶点名称、类型、物种、基因符号和 UniProt 编号。
- 药物层面的信息：给药途径（口服、注射、外用）、ATC 编码、商品名、ChEMBL 黑框警告标记和撤市标记。
限制
- 每次只返回一个分子。有多个匹配时取临床阶段最高的那个，所以这是单项查询，不是列表检索。
- 不返回具体的生物活性数值（IC50、Ki 等），只给出带 pChEMBL 值的测量条数。
- 每个药物最多返回 25 条机制；不支持按靶点、结构或相似度检索。
- 每个 ChEMBL 请求最长等待 25 秒，一次完整查询会发出好几个请求。
ScholarMuse 怎么访问 ChEMBL
连接器直接请求 ebi.ac.uk/chembl/api/data 上的 ChEMBL 数据接口，用到 molecule、mechanism、target、activity 四类资源，不发送任何 API key。
响应最多缓存 7 天，ChEMBL 新版本带来的变化可能要过这么久才能看到。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC BY-SA 3.0
Drug and bioactivity data from ChEMBL (ebi.ac.uk/chembl), EMBL-EBI, CC BY-SA 3.0.
来自 ChEMBL 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 ChEMBL 自己的引用要求来写。
用到 ChEMBL 的功能
相关数据源
常见问题
ScholarMuse 不是 ChEMBL 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_drug 工具会查询 ChEMBL。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 ChEMBL，不用再单独装一个 server。
不需要。ChEMBL 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
连接器直接请求 ebi.ac.uk/chembl/api/data 上的 ChEMBL 数据接口，用到 molecule、mechanism、target、activity 四类资源，不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，ChEMBL 新版本带来的变化可能要过这么久才能看到。
许可：CC BY-SA 3.0。署名：Drug and bioactivity data from ChEMBL (ebi.ac.uk/chembl), EMBL-EBI, CC BY-SA 3.0. 来自 ChEMBL 的记录都带这段许可和署名。
需要。每次成功调用 lookup_drug 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：药物与靶点，1 积分 / 次。