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基因组Ensembl REST lookup and xrefsEnsembl
Ensembl 是 EMBL-EBI 维护的基因组注释资源，为基因分配稳定的 ID，并给出基因在指定基因组组装版本上的位置。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号或 Ensembl 基因 ID 调用 lookup_gene_protein，返回的同一条记录里包含 Ensembl ID、biotype 和基因组坐标，以及 NCBI Gene、UniProt 的数据。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
人类 EGFR 的基因组坐标是多少？基于哪个组装版本？
ENSG00000141510 是哪个基因？它的 biotype 是什么？
给我斑马鱼 tp53 的 Ensembl 基因 ID 和所在链。
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 Ensembl 的数据字段。
lookup_gene_protein
该工具返回一条合并记录，以下是其中来自 Ensembl 的部分。字段名是 `data` 内的路径。
- ids.ensembl
- Ensembl 稳定基因 ID
- biotype
- 基因类型，例如 protein_coding
- location.assembly
- 坐标所基于的基因组组装版本
- location.chromosome
- 染色体或序列区域名称
- location.start
- 基因起始位置
- location.end
- 基因终止位置
- location.strand
- 所在链，+ 或 -
- links.ensembl
- Ensembl 基因页面链接
覆盖范围
- 基因层面的注释：稳定基因 ID、biotype、组装版本名称、染色体、起止位置和所在链。
- 可在指定物种中按基因符号查询，也可按 Ensembl 稳定基因 ID 查询；ID 后的版本号（如 .12）会被去掉。
- 当 UniProt 中查不到该基因时，会用 Ensembl 的交叉引用补上 NCBI Gene ID 和 Swiss-Prot accession。
限制
- 每次调用只返回一个基因。不返回转录本、外显子、序列、变异或同源基因。
- 坐标基于 Ensembl 当前提供的组装版本（见 location.assembly），无法指定旧的组装版本。
- Ensembl 不认识的符号或 ID 按未找到处理，此时记录只由 NCBI Gene 和 UniProt 的数据组成。
ScholarMuse 怎么访问 Ensembl
连接器直接调用 rest.ensembl.org 的 Ensembl REST API：用 /lookup/symbol 或 /lookup/id 查基因，需要补查 UniProt 或 NCBI Gene 编号时再调用 /xrefs/id。不发送任何 API key。
响应最多缓存 7 天，Ensembl 新版本中的变动可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：No restrictions on data use (Ensembl / EMBL-EBI terms of use)
Gene annotation from Ensembl (ensembl.org), EMBL-EBI.
来自 Ensembl 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 Ensembl 自己的引用要求来写。
用到 Ensembl 的功能
常见问题
ScholarMuse 不是 Ensembl 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_gene_protein 工具会查询 Ensembl。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 Ensembl，不用再单独装一个 server。
不需要。Ensembl 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
连接器直接调用 rest.ensembl.org 的 Ensembl REST API：用 /lookup/symbol 或 /lookup/id 查基因，需要补查 UniProt 或 NCBI Gene 编号时再调用 /xrefs/id。不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，Ensembl 新版本中的变动可能要过这么久才会出现。
许可：No restrictions on data use (Ensembl / EMBL-EBI terms of use)。署名：Gene annotation from Ensembl (ensembl.org), EMBL-EBI. 来自 Ensembl 的记录都带这段许可和署名。
需要。每次成功调用 lookup_gene_protein 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：基因与蛋白查询，1 积分 / 次。