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通路Reactome ContentServiceReactome
Reactome 是人工整理的生物通路与反应数据库，通路通过 UniProt accession 与参与其中的蛋白相关联。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号或 UniProt accession 调用 lookup_gene_protein，就能得到该蛋白对应的 Reactome 通路，包括稳定 ID、名称，以及是否属于疾病通路的标记。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
人类 MTOR 参与哪些 Reactome 通路？
KRAS 出现在 Reactome 的疾病通路里吗？给我通路 ID。
UniProt P38398（BRCA1）对应多少条 Reactome 通路？
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 Reactome 的数据字段。
lookup_gene_protein
Reactome 的数据填在合并记录的 `pathways` 列表里。只有解析出 UniProt accession，且 `include` 包含 pathways（默认包含）时才会查询。
- pathways[].id
- Reactome 稳定 ID，例如 R-HSA-165159
- pathways[].name
- 通路名称
- pathways[].disease
- Reactome 标为疾病通路时为 true
- pathways[].url
- Reactome 通路页面链接
- pathwaysTotal
- 截取前 15 条之前找到的通路总数
覆盖范围
- 某个 UniProt 蛋白在 Reactome 中对应的通路，物种与本次查询一致（默认为人）。
- 每条通路附带稳定 ID、名称、疾病标记和 Reactome 页面链接。
限制
- 每次调用最多返回 15 条通路，pathwaysTotal 给出总数。
- 只能按蛋白查询，不能通过这个工具按通路名称或关键词搜索 Reactome。
- 不返回反应、参与分子、通路层级、通路图或富集分析。
- Reactome 未注释的蛋白，或没有解析出 UniProt accession 的查询，pathways 列表为空。
ScholarMuse 怎么访问 Reactome
连接器直接调用 Reactome ContentService，使用按 UniProt accession 和物种列出通路的 mapping 接口。不发送任何 API key。
响应最多缓存 7 天，Reactome 新版本的内容可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC0-1.0 (data); pathway illustrations CC BY 4.0
Pathway data from Reactome (reactome.org).
来自 Reactome 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 Reactome 自己的引用要求来写。
用到 Reactome 的功能
常见问题
ScholarMuse 不是 Reactome 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_gene_protein 工具会查询 Reactome。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 Reactome，不用再单独装一个 server。
不需要。Reactome 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
连接器直接调用 Reactome ContentService，使用按 UniProt accession 和物种列出通路的 mapping 接口。不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，Reactome 新版本的内容可能要过这么久才会出现。
许可：CC0-1.0 (data); pathway illustrations CC BY 4.0。署名：Pathway data from Reactome (reactome.org). 来自 Reactome 的记录都带这段许可和署名。
需要。每次成功调用 lookup_gene_protein 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：基因与蛋白查询，1 积分 / 次。