STRING
STRING 是收录已知和预测蛋白互作的数据库，会根据多种证据为每一对蛋白给出置信度得分。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号或 UniProt accession 调用 lookup_gene_protein，可得到该蛋白在 STRING 中得分最高的 15 个互作蛋白，每个都带综合得分以及实验、数据库和文本挖掘得分。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 STRING 的数据字段。
lookup_gene_protein
STRING 的数据填在合并记录的 `interactions` 列表里。`include` 包含 interactions（默认包含）且解析出基因符号或 UniProt accession 时才会查询。
- interactions[].partner
- 互作蛋白的常用名称
- interactions[].score
- STRING 综合得分
- interactions[].experimentalScore
- 来自实验证据的得分
- interactions[].databaseScore
- 来自数据库证据的得分
- interactions[].textminingScore
- 来自文本挖掘证据的得分
- links.string
- 该蛋白在 STRING 的网络页面链接
覆盖范围
- 某个蛋白在某个物种中得分最高的互作蛋白（默认物种为人）。
- 每个互作蛋白给出综合得分，以及实验、数据库和文本挖掘三项得分。
- 附带该蛋白在 STRING 的网络页面链接，可查看完整网络。
限制
- 每次调用返回 15 个互作蛋白，数量不能调整，也不能翻页。
- 工具自身不设得分阈值，直接取 STRING 返回的前 15 个；互作较少的蛋白，结果里可能出现低置信度的互作蛋白。
- 每次调用只查一个蛋白。不提供多个蛋白之间的网络、富集分析或网络图片。
- 输出中不包含共表达、基因邻接、基因融合和共现等分项得分。
ScholarMuse 怎么访问 STRING
连接器直接调用 string-db.org 的 STRING API，使用 interaction_partners 方法，传入基因符号（没有符号时传 UniProt accession）和 NCBI taxon id。不发送任何 API key。对 STRING 的请求之间间隔 1 秒。
响应最多缓存 7 天，STRING 新版本的内容可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC BY 4.0
Protein–protein interaction data from STRING (string-db.org), CC BY 4.0.
来自 STRING 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 STRING 自己的引用要求来写。
