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蛋白UniProt REST (UniProtKB)UniProt
UniProt 是 UniProt Consortium 维护的蛋白序列与功能知识库，UniProtKB 条目记录蛋白的名称、功能注释以及指向基因数据库的链接。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号、蛋白名或 UniProt accession 调用 lookup_gene_protein，可得到 accession、蛋白名、长度和功能描述，并优先采用经过审阅的 Swiss-Prot 条目。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
UniProt 对人类 PTEN 的功能是怎么描述的？这个蛋白有多长？
UniProt accession P04637 是哪个蛋白？是经过审阅的条目吗？
查一下小鼠胰岛素受体（Insr）的 UniProt accession。
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 UniProt 的数据字段。
lookup_gene_protein
该工具返回一条合并记录，以下是其中来自 UniProt 的部分。字段名是 `data` 内的路径。
- ids.uniprot
- UniProtKB accession
- proteinName
- 推荐蛋白名称
- proteinLength
- 序列长度（氨基酸数）
- function
- 功能注释文本，最多 2000 个字符
- uniprotReviewed
- 是否为经审阅的 Swiss-Prot 条目
- aliases
- 基因同义名，NCBI Gene 无别名时使用
- links.uniprot
- UniProt 条目页面链接
覆盖范围
- UniProtKB 条目，包括经审阅的 Swiss-Prot 条目和未审阅条目。优先查找审阅条目，uniprotReviewed 字段会标明用的是哪一种。
- 可按 UniProt accession、指定物种中的精确基因符号、蛋白名称或 Ensembl 基因 ID 查询。
- UniProt 中指向 NCBI Gene 和 Ensembl 的交叉引用，决定结果里附上哪条基因记录。
限制
- 每次调用只返回一个蛋白。不返回氨基酸序列本身，只返回长度。
- 只返回功能注释，截断到 2000 个字符。不返回特征位点、亚型、变异、亚细胞定位和参考文献。
- 一个基因对应多个 UniProtKB 条目时只选其中一个（审阅条目优先），不会列出同一基因的其他条目。
- 如果 accession 所属物种与请求的物种不同，后续查询会以 UniProt 条目的物种为准。
ScholarMuse 怎么访问 UniProt
连接器直接调用 rest.uniprot.org/uniprotkb 的 UniProt REST API：有 accession 时直接取条目，否则按精确基因名、蛋白名或 Ensembl 交叉引用搜索。不发送任何 API key。
按 accession 取的条目最多缓存 7 天，搜索结果最多缓存 1 天，UniProt 的最新更新可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC BY 4.0
Protein data from UniProt (uniprot.org), UniProt Consortium, CC BY 4.0.
来自 UniProt 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 UniProt 自己的引用要求来写。
用到 UniProt 的功能
常见问题
ScholarMuse 不是 UniProt 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_gene_protein 工具会查询 UniProt。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 UniProt，不用再单独装一个 server。
不需要。UniProt 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
连接器直接调用 rest.uniprot.org/uniprotkb 的 UniProt REST API：有 accession 时直接取条目，否则按精确基因名、蛋白名或 Ensembl 交叉引用搜索。不发送任何 API key。按 accession 取的条目最多缓存 7 天，搜索结果最多缓存 1 天，UniProt 的最新更新可能要过这么久才会出现。
许可：CC BY 4.0。署名：Protein data from UniProt (uniprot.org), UniProt Consortium, CC BY 4.0. 来自 UniProt 的记录都带这段许可和署名。
需要。每次成功调用 lookup_gene_protein 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：基因与蛋白查询，1 积分 / 次。