GTEx
GTEx（Genotype-Tissue Expression）项目基于捐献者样本测量基因在人体各组织中的表达，并在 GTEx Portal 上公开汇总数据。通过 ScholarMuse，agent 用人类基因符号或 Ensembl 基因 ID 调用 search_expression_data，可得到表达最高的 15 个组织的 TPM 中位数、表达最低的组织，以及数据所属的版本。
对应的 ScholarMuse 工具：search_expression_data。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 GTEx 的数据字段。
search_expression_data
传入 `gene` 参数且 GTEx 中有该基因时，返回一条记录。
- gene
- GTEx 使用的基因符号
- gencodeId
- 带版本号的 GENCODE 基因 ID
- geneDescription
- 基因简要描述
- dataset
- 所用 GTEx 版本：gtex_v10 或 gtex_v8
- unit
- 表达量单位，TPM
- tissuesMeasured
- 有中位数数值的组织数量
- topTissues
- 前 15 个组织，含 tissue、tissueId、medianTpm
- lowestTissue
- TPM 中位数最低的组织
覆盖范围
- 人类基因在各组织中的 TPM 中位数，来自 GTEx v10；v10 中没有该基因时使用 v8。
- 基因按对应版本的 GENCODE 注释匹配：gtex_v10 用 v39，gtex_v8 用 v26。
- 每条结果的 dataset 字段都会标明用的是哪个版本。
限制
- 仅限人类。GTEx 没有其他物种的数据，organism 参数对它不起作用。
- 只返回表达最高的 15 个组织和表达最低的 1 个组织，不返回完整的组织表。
- 只有中位数。不提供单个样本的数值、eQTL、剪接数据，也不按性别或年龄拆分。
- 每次调用只查一个基因。GTEx 不认识的基因不返回记录。
ScholarMuse 怎么访问 GTEx
连接器直接调用 GTEx Portal API v2：先用 reference/gene 解析基因，再用 expression/medianGeneExpression 取各组织的中位数。优先查询 gtex_v10，查不到该基因时退回 gtex_v8。不发送任何 API key。
响应最多缓存 30 天。GTEx 各版本是固定的数据集，同一版本的数值在此期间不会变化。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：Open access summary data (GTEx Portal terms; cite the GTEx Consortium)
Expression data from the Genotype-Tissue Expression (GTEx) Project, GTEx Portal (gtexportal.org).
来自 GTEx 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 GTEx 自己的引用要求来写。
