NCBI Gene
NCBI Gene 是美国国家医学图书馆下属 NCBI 维护的基因数据库，为每个基因分配稳定的 ID，并记录官方符号、别名、染色体位置和文字摘要。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号或基因名调用 lookup_gene_protein，就能拿到对应的 NCBI Gene 记录，并与 Ensembl、UniProt 的数据合并成一条结果。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 NCBI Gene 的数据字段。
lookup_gene_protein
该工具返回一条合并记录，以下是其中来自 NCBI Gene 的部分。字段名是 `data` 内的路径。
- ids.ncbiGene
- NCBI Gene ID
- symbol
- 官方基因符号
- name
- 基因全名
- aliases
- 基因的其他符号，最多 12 个
- organism
- 物种学名
- summary
- NCBI 基因摘要，最多 2000 个字符
- chromosome
- 基因所在染色体
- cytoband
- 染色体区带，例如 17q21.31
- location
- NCBI 坐标，仅在 Ensembl 无记录时使用
- links.ncbiGene
- NCBI 基因页面链接
覆盖范围
- NCBI Gene 的基因记录：ID、官方符号、全名、别名、物种、染色体、区带和摘要。
- 任何物种都可以用 NCBI taxon id 指定；常见模式生物（人、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、线虫、酵母等）可以直接写名称。默认物种为人。
- 只搜索现行有效的基因记录（查询限定为所选物种中未被撤销的记录）。
限制
- 每次调用只返回一个基因。工具取最佳匹配：先按符号精确匹配，再按基因全名，最后按全部字段。
- 不在内置列表中的物种名称会被拒绝，请改传该物种的 NCBI taxon id。
- 不返回序列、转录本、变异或文献链接。摘要截断到 2000 个字符，别名最多 12 个。
- 输入 UniProt accession 或 Ensembl 基因 ID 时，先由这两个来源解析；之后只有能通过 UniProt 的交叉引用或基因符号对上时，才会附上 NCBI Gene 记录。
ScholarMuse 怎么访问 NCBI Gene
连接器直接调用 NCBI E-utilities：先用 esearch 在 gene 库中按物种查找基因，再用 esummary 取记录。配置了 NCBI API key 时会带上；没有 key 时返回的数据相同，只是请求间隔更长（680 毫秒，有 key 时为 210 毫秒）。
基因搜索结果最多缓存 1 天，基因记录最多缓存 7 天，NCBI 上的最新修改可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：Public domain (NCBI/NLM data usage policies apply)
Gene data from NCBI Gene, National Library of Medicine (ncbi.nlm.nih.gov/gene).
来自 NCBI Gene 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 NCBI Gene 自己的引用要求来写。
