NCBI GEO 数据库
GEO（Gene Expression Omnibus）是 NCBI 的数据仓库，研究者在这里提交表达谱及其他功能基因组学数据集。通过 ScholarMuse，agent 用关键词和可选的物种调用 search_expression_data，可得到匹配的 GEO series（GSE 记录），包括编号、标题、物种、样本数、平台、数据类型、日期和关联的 PubMed ID。
对应的 ScholarMuse 工具：search_expression_data。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 NCBI GEO 的数据字段。
search_expression_data
传入 `query` 参数时返回，每个 GEO series 一条记录。
- accession
- GEO series 编号（GSE 号）
- organism
- 该 series 涉及的物种
- samples
- 样本数量
- platform
- 平台编号（GPL），最多 5 个
- dataType
- GEO 记录的研究类型
- date
- series 公开日期
- supplementaryFiles
- GEO 给出的补充文件信息
- pubmedIds
- 关联的 PubMed ID，最多 5 个
- summary
- series 摘要，最多 600 个字符
覆盖范围
- 通过 Entrez gds 库检索到的 GEO series（GSE）记录，工具的摘要中会给出匹配总数。
- 按关键词检索，可选物种过滤；物种可以写学名，也可以写 mouse 这类常用名。
- 每个 series 都带有 GEO 编号页面的链接。
限制
- 每次调用最多返回 25 个 series（默认 10 个），按相关度排序，之后无法翻页。
- 只返回 series。单个样本（GSM）、平台（GPL）和整理后的 DataSets（GDS）不作为记录返回。
- 只有元数据。工具不下载也不解析表达矩阵或原始文件。
- 查询中的引号、方括号、圆括号和冒号会被去掉，因此不能使用 [Title] 这类 Entrez 字段标签；也没有日期过滤。
ScholarMuse 怎么访问 NCBI GEO
连接器直接调用 NCBI E-utilities：在 Entrez 的 gds 库上做 esearch，只取 series（GSE）并按相关度排序，再用 esummary 取记录。配置了 NCBI API key 时会带上；没有 key 时返回的数据相同，只是请求间隔更长（680 毫秒，有 key 时为 210 毫秒）。
搜索结果最多缓存 6 小时，series 记录最多缓存 1 天，新公开的 series 可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：Public domain database (NCBI/NLM policies); individual submitters may hold rights in their data
Dataset records from NCBI Gene Expression Omnibus (ncbi.nlm.nih.gov/geo).
来自 NCBI GEO 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 NCBI GEO 自己的引用要求来写。
