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蛋白结构域InterPro API (entry by protein)InterPro
InterPro 是 EMBL-EBI 维护的蛋白家族、结构域和位点分类资源，可以给出某个蛋白匹配到哪些条目以及在序列上的位置。通过 ScholarMuse，agent 用基因符号或 UniProt accession 调用 lookup_gene_protein，就能得到该蛋白匹配到的 InterPro 条目，每条都带类型和起止位置。
对应的 ScholarMuse 工具：lookup_gene_protein。每次成功调用都会扣积分。
可以这样问你的 agent
人类 EGFR 有哪些 InterPro 结构域？分别在哪些残基位置？
列出 UniProt P04637 匹配到的 InterPro 家族和结构域。
按 InterPro 的注释，小鼠 Sox2 有 HMG box 结构域吗？
你的 agent 会拿到什么
每条记录都带有 id、source、title、url、license、attribution 和 retrievedAt。下面是来自 InterPro 的数据字段。
lookup_gene_protein
InterPro 的数据填在合并记录的 `domains` 列表里。只有解析出 UniProt accession，且 `include` 包含 domains（默认包含）时才会查询。
- domains[].id
- InterPro accession，例如 IPR000719
- domains[].name
- 条目名称
- domains[].type
- InterPro 给出的条目类型
- domains[].locations
- 起止残基位置，最多 10 个片段
- domains[].url
- InterPro 条目页面链接
覆盖范围
- 某个 UniProtKB 蛋白匹配到的 InterPro 整合条目，以及 InterPro 给出的条目类型。
- 每个匹配在蛋白序列上的残基位置。
- 只要能解析到 UniProt accession 的蛋白都可以查，物种范围与 UniProt 一致。
限制
- 只能按蛋白查询，不能按结构域名称搜索 InterPro，也不能列出含有某个结构域的蛋白。
- 每个蛋白最多读取 100 个条目，每个条目最多 10 个位置片段。
- 如果查询没有解析出 UniProt accession，domains 列表为空。
- 只返回 InterPro 条目，不返回其背后成员数据库（如 Pfam）的签名。单次请求最长等待 25 秒。
ScholarMuse 怎么访问 InterPro
连接器直接调用 ebi.ac.uk/interpro/api 的 InterPro API，查询某个 UniProt accession 匹配到的 InterPro 条目。不发送任何 API key。
响应最多缓存 7 天，InterPro 新版本的内容可能要过这么久才会出现。
API key：上游 API 不用 key 也能调用，你不用申请。
许可与署名
许可：CC0-1.0
Domain and family annotation from InterPro (ebi.ac.uk/interpro), EMBL-EBI, CC0.
来自 InterPro 的记录都带这段许可和署名。 在论文里引用时，请按 InterPro 自己的引用要求来写。
用到 InterPro 的功能
常见问题
ScholarMuse 不是 InterPro 的官方产品。它是一个面向学术数据的 MCP server，其中的 lookup_gene_protein 工具会查询 InterPro。agent 连上 ScholarMuse 后就能用 InterPro，不用再单独装一个 server。
不需要。InterPro 的 API 不用 key 也能调用，ScholarMuse 也不会向你要 key。登录一次 ScholarMuse，agent 就能调用工具。
连接器直接调用 ebi.ac.uk/interpro/api 的 InterPro API，查询某个 UniProt accession 匹配到的 InterPro 条目。不发送任何 API key。响应最多缓存 7 天，InterPro 新版本的内容可能要过这么久才会出现。
许可：CC0-1.0。署名：Domain and family annotation from InterPro (ebi.ac.uk/interpro), EMBL-EBI, CC0. 来自 InterPro 的记录都带这段许可和署名。
需要。每次成功调用 lookup_gene_protein 都会扣积分，调用失败不扣。当前价格：基因与蛋白查询，1 积分 / 次。